免费在线工具
免费在线工具功能包含：蛋白-蛋白在线对接与绘图、蛋白-核酸在线对接与绘图、蛋白-小分子在线对接与绘图等功能。
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AutoDock Vina 由 Oleg Trott 在 Scripps 研究所开发，是分子对接领域使用最广泛的开源工具。Vina 采用迭代局部搜索算法与经验打分函数，比 AutoDock 4 快数十倍，同时精度显著提升，已成为药物虚拟筛选的金标准工具。
高精度预测配体与靶标蛋白的结合模式，输出多个结合构象及打分排序
支持百万级化合物库批量对接，GPU加速版本可进一步提速
迭代局部搜索算法在配体构象空间中高效采样，兼顾速度与覆盖率
深入了解 AutoDock Vina 的核心技术优势
Vina 采用 BFGS 拟牛顿法进行局部优化，结合随机扰动实现全局搜索，避免陷入局部最优。搜索过程自动平衡探索与利用。
基于高斯函数的组合打分，综合评估氢键、疏水作用、空间位阻和扭转自由度惩罚。无需预计算网格，直接对构象打分。
Vina-GPU 2.0 利用 GPU 并行加速对接计算，单个 GPU 可同时处理数百个对接任务，对接速度较 CPU 版本提升数十倍。
支持指定受体侧链柔性，可在对接过程中同时优化配体与关键残基的构象，提升对接精度。
AutoDock Vina 在生命科学领域的广泛应用
从百万级化合物库中筛选潜在药物分子，大幅降低实验筛选成本。通常先经 Vina 初筛，再结合 MM/GBSA 精排。
预测小分子与蛋白质的结合位点和结合模式，指导先导化合物优化与结构改造。
通过系列类似物对接分析，识别关键相互作用，指导 SAR（构效关系）研究。
将已知药物对接到新靶标，快速发现药物新适应症，缩短开发周期。
新智元生物科技提供的 AutoDock Vina 专业服务
基于 AutoDock Vina 进行小分子-蛋白质高精度对接预测，输出多个结合构象及打分排序，支持柔性对接与批量对接。
利用 Vina-GPU 进行百万级化合物虚拟筛选，结合 AI 打分模型与 MM/GBSA 精排，提升命中率。
基于对接结果分析构效关系，识别关键相互作用与药效团特征，指导先导化合物优化。
对于大规模虚拟筛选，建议使用 Vina（速度快数十倍）；对于需要精细参数控制的对接研究，AutoDock 4 提供更多选项。最佳实践是先用 Vina 初筛，再用 AutoDock 4 或 MD 模拟精修。
在 CASF 基准测试中，Vina 的对接成功率约 50-60%，打分相关性中等。精确结合自由能计算建议结合 MM/GBSA 或 FEP 方法。Vina-GPU 2.0 的精度与原版一致。
建议：1) 多构象对接取交集；2) 结合 AI 打分模型重排；3) 用 MM/GBSA 精排 Top 化合物；4) 考虑药代动力学（ADMET）过滤。新智元提供完整的虚拟筛选管线。
标准 Vina 主要针对小分子-蛋白质对接。蛋白质-核酸复合物建议使用 Boltz-2 等专门工具。新智元生物科技提供多种对接工具的组合服务方案。
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