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免费在线工具功能包含：蛋白-蛋白在线对接与绘图、蛋白-核酸在线对接与绘图、蛋白-小分子在线对接与绘图等功能。
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Protenix-V2（Protenix v2）是字节跳动于 2026 年 4 月发布的第二代开源生物大分子结构预测 AI 模型，配套软件包版本为 protenix 2.0.0，是对标并优化 AlphaFold3 的全链路蛋白质/复合物预测框架。Protenix-V2 在 AlphaFold3 架构基础上进行了关键优化，提升了蛋白质-配体、蛋白质-核酸等复合物的预测精度和推理效率。
蛋白质-配体、蛋白质-核酸等复合物
同时靶向蛋白的多个表位，设计多特异性结合剂
端到端自动化流程，无需专家手动调参
深入了解 Protenix-V2 的核心技术优势
三个智能体协同工作：结构预测智能体分析靶标 → 扩散生成智能体设计骨架 → 亲和力评估智能体筛选优化，自动迭代至收敛。
以亲和力预测为核心优化目标，而非传统的序列恢复率，确保设计结果具备实际结合能力。
可同时设计靶向多个表位的结合剂，支持双特异性、多特异性结合蛋白设计，适用于 CAR-T、双抗等应用。
整合实验反馈数据持续优化模型，设计-验证-迭代闭环，不断提升设计成功率。
Protenix-V2 在生命科学领域的广泛应用
预测药物-靶标蛋白复合物结构，指导先导化合物优化和药物设计。
设计同时结合两个靶标的结合蛋白，应用于双特异性抗体、T 细胞衔接器等。
设计高亲和力、高特异性的检测探针，用于生物标志物检测与诊断试剂开发。
设计结合靶标蛋白并招募降解 machinery 的双功能分子，实现靶向蛋白质降解。
新智元生物科技提供的 Protenix-V2 专业服务
基于 Protenix-V2 预测蛋白质-小分子配体复合物三维结构，输出结合位点和结合模式预测。
利用 Protenix-V2 预测蛋白质-蛋白质、抗体-抗原等多链复合物结构，支持蛋白互作界面分析。
提供从计算设计到实验验证的完整服务，实验结果反馈优化模型，持续提升亲和力。
Protenix-V2 是结构预测模型，侧重于蛋白质/复合物三维结构预测；RFdiffusion + ProteinMPNN 是蛋白质设计管线，侧重于从头设计蛋白质序列和结构。两者功能定位不同，但可组合使用——先用 Protenix-V2 预测靶标结构，再用设计管线进行结合剂设计。
Protenix-V2 支持蛋白质-配体、蛋白质-蛋白质、蛋白质-DNA/RNA 等多种复合物类型。对于有同源模板的靶标效果最好，无模板靶标也可通过 MSA 搜索进行预测。
Protenix-V2 在 CASP16 和 CAMEO 等基准测试中表现优异，在蛋白质-配体和蛋白质-蛋白质复合物预测上达到或超过 AlphaFold3 的精度，同时推理速度更快。新智元提供基于 Protenix-V2 的专业预测服务。
Protenix-V2 完全开源，可通过 GitHub 获取代码和模型权重，支持本地 GPU 服务器部署。新智元生物科技也提供云端预测服务，无需自建算力即可使用。
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