Boltz-2 由 MIT 和 Recursion Pharmaceuticals 联合开发,专为蛋白-核酸复合物对接设计。基于条件扩散模型与置信度估计,Boltz-2 可端到端预测蛋白-DNA/RNA 复合物的三维结构与结合模式,无需预定义结合位点,在 CASP16 中展现了卓越性能。
预测转录因子、DNA结合蛋白与 DNA 序列的复合物结构
预测 RNA 结合蛋白(RBP)与 RNA 的结合模式
对预测结果各区域提供置信度评分,帮助判断可靠性
深入了解 Boltz-2 的核心技术优势
将蛋白-核酸对接建模为条件扩散过程,从噪声逐步去噪生成复合物三维结构,无需预定义结合位点。
将蛋白质与核酸序列联合编码,捕获序列层面的互作信号,支持仅从序列出发的对接预测。
内置置信度估计模块,对复合物各区域预测 pLDDT 分数,帮助用户识别高可靠与低可靠区域。
无需多步管线或人工干预,直接从序列输入到结构输出,大幅降低使用门槛。
Boltz-2 在生命科学领域的广泛应用
预测转录因子与 DNA 启动子/增强子序列的结合模式,揭示基因调控机制。
预测 RBP 与 mRNA/lncRNA 的结合模式,研究转录后调控与 RNA 加工。
指导适配体、反义寡核苷酸等核酸药物与靶标蛋白的结合设计。
预测染色质修饰蛋白与 DNA 的结合,揭示表观遗传调控机制。
新智元生物科技提供的 Boltz-2 专业服务
基于 Boltz-2 对蛋白-DNA/RNA 复合物进行高精度对接预测,输出结合模式与置信度评估。
利用 Boltz-2 预测转录因子与 DNA 序列的结合模式,指导基因调控研究与合成生物学设计。
结合 Boltz-2 对接与 MD 模拟验证,提供核酸药物-靶标结合设计的完整方案。
HADDOCK 基于物理力场与实验约束,需要定义活性残基。Boltz-2 基于深度学习端到端预测,无需预定义结合位点,速度更快,且专为蛋白-核酸优化。
Boltz-2 支持蛋白-RNA 复合物对接,但不适用于独立 RNA 三维结构预测。纯 RNA 结构预测建议使用专业工具。
Boltz-2 输出的 pLDDT 置信度分数是主要指标:>90 高可靠、70-90 可靠、<70 低可靠。建议结合 MD 模拟交叉验证关键预测。
可以。Boltz-2 在蛋白-核酸对接方面具独特优势,适用于靶向 RNA 的小分子药物设计、转录因子抑制剂开发等。结合对接+MD+自由能计算可形成完整管线。
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